12 Kasım 1918 günü Fransızlar Ä°skenderun'a asker çıkardı. AnlaÅŸmaya göre yörede Osmanlı mülki idaresinin devam etmesi , dolayısıyla idarecilerin yerlerinde kalıp göreve devam etmeleri gerekiyordu. Ama devletin emirlerine uyarak burada kalmak isteyen Kaymakam ve Liman Reisi hakaret ve eziyetler edildikten, hapsedildikten sonra ÅŸehirden çıkarıldılar ve bir kayıkla Payas'a gönderildiler.
14 Kasım 1918 günü Fransızlar karaya yeni birlikler çıkararak önce Ä°skenderun'u, 15 Kasım 1918 günüde Belen'i iÅŸgal ettiler.
27 Kasım 1918 tarihinde, merkezi Beyrut'ta bulunan Fransız Yüksek KomiserliÄŸi bir kararname yayınlayarak, Antakya, Ä°skenderun ve Harim'i içine alan ve 'Ä°skenderun Sancağı' adı verilen bir idari birim oluÅŸturdu. Sancak bir askeri vali tarafından yönetilecekti.
7 Aralık 1918 günü Ä°skenderun'dan gelen bir Fransız birliÄŸi Antakya'yı iÅŸgal etti ve 'Arap Hükümeti' adıyla sürdürülmekte olan Faysalcı yönetime son verdi.
11 Aralık 1918 günü 400 Ermeniden oluÅŸan bir Fransız taburu Dörtyol'u iÅŸgal etti. I. Dünya Savaşı sırasında baÅŸka bölgelere göçettirilen Ermenilerden geri dönenler aynı tarihlerde Dörtyol çevresinde toplanarak bu civardaki Ermeni nüfusu 10 000'i aÅŸmış, bu arada Ermeni çeteleri ortaya çıkmıştı. Ä°ÅŸgalden kısa süre sonra Fransız taburundaki Ermenilerle Ermeni çeteleri taÅŸkın ve saldırgan davranışlarıyla yöredeki Türkleri taciz etmeye baÅŸladılar. Soygun, saldırı, iÅŸkence ve intikam gayesiyle adam öldürme olayları günden güne arttı. Türklerin idari makamlara yaptıkları baÅŸvurular sonuçsuz kaldı. Bu arada baskı ve zulüm yüzünden kaçıp daÄŸlara sığınan Türklerin kurdukları çeteler olaylara müdahale etmeye baÅŸladılar. Nihayet ilk olay 19 Aralık 1918 günü meydana geldi. O gün Karakese köyüne bir saldırı düzenleyen Ermeni askerlerden oluÅŸan Fransız müfrezesi silahlı direniÅŸle karşılaÅŸtı. Köy giriÅŸindeki barikatta meydana gelen çatışmada Fransızlar 15 ölü bırakarak çekildiler. Bu çatışma Türk Milli Mücadele tarihinin baÅŸlangıç noktası ve KurtuluÅŸ Savaşımızınilk kurÅŸunudur.
Fransız birliklerindeki Ermeniler Dörtyol'da olduÄŸu gibi Antakya, Ä°skenderun ve Belen'de de taÅŸkınlıklar ve saldırılarla halkı canından usandırmışlardı. Åžikayetlerin artması üzerine Osmanlı Hükümeti Ä°ngiliz Yüksek KomiserliÄŸini protesto etti. Daha sonra Ä°skenderun'da bulunan Fransız birliklerindeki Ermenilerin olay çıkarmaları üzerine bunlar 1 Mart 1919'da gemi ile Port Said'e gönderildiler.
O günlerde Dörtyol çevresinde zulümden bıkan, ama sığınacak bir merci bulamayan Türklerden çoÄŸu birer silah temin edip daÄŸa çıkarak mevcut çetelere katıldılar. Bu çetelerden en ünlüsü ve güçlüsü Kara Hasan çetesiydi. Kara Hasan çetesi Ermeni çetelerine ve Fransız birliklerine karşı büyük baÅŸarı gösterdiÄŸinden halk kendisine 'PaÅŸa' unvanı verdi.
Aynı ÅŸekilde Antakya, Reyhanlı ve Kuseyr (Altınözü) bölgelerinde kurulan çeteler de Fransız birlikleriyle mücadele ettiler, baskınlar düzenleyip çatışmalara girdiler ve iÅŸgal kuvvetlerine, rahat nefes aldırmadılar.
28 Ocak 1920'de son Osmanlı Mebusan Meclisi Misak-ı Millî'yi kabul etti. Nisan 1920'de Reyhanlı mücahitlerinden Tayfur Mürsel (Sökmen) Ankara'ya bir telgraf çekerek 'Antakya-Ä°skenderun ve havalisinin Misak-ı Millî'ye dahil olup olmadığını' sordu. Mustafa Kemal PaÅŸa cevabında yörenin Misak-ı Millî'ye dahil olduÄŸunu, MaraÅŸ'taki Kolordu ile irtibat kurmaları gerektiÄŸini bildirdi. Bundan sonra II. Kolordu ile temas kuruldu ve M.Kemal PaÅŸa'nın Anadolu'da baÅŸlattığı mücadeleyi desteklemek üzere Kuvayı Milliye'ye katıldılar.
Eylül 1920'de Kırıkhan-Hassa arasında, düzenli ve takviyeli Fransız birlikleri ile asker takviyeli Türk çeteleri arasında meydana gelen Boklukaya Savaşı çetelerin zaferiyle sonuçlandı. 1921 yılı ilkbaharında Kuseyr'de ve Yayladağı civarında çeteler duruma hakim iken buraya Antakya'dan ve Lazkiye'den takviye Fransız birlikleri gönderildi. Bunlara karşı çeteler cephe oluÅŸturmuÅŸ, mücadeleye baÅŸlamışlardı. Ancak Ankara'da Türk Hükümeti ile Fransız temsilci Franklin Bouillon arasında devam etmekte olan görüÅŸmeler nedeniyle mücadelenin durdurulması ve çetelerin çekilmesi emri geldi. Temmuz 1921'de çeteler mücadeleyi bırakarak Anadolu'ya çekildiler.
8 AÄŸustos 1921 tarihinde Fransız Yüksek KomiserliÄŸi Ä°skenderun Sancağı'nın yönetim ÅŸeklini belirleyen yeni bir kararname yayınladı. Bu kararnameye göre Ä°skenderun Sancağı Fransız iÅŸgal bölgesi içinde tam özerkliÄŸe ve özel bir idare sistemine sahip oluyordu. Sancağı bir 'Mutasarrıf' yönetecek ve mutasarrıf, Halep Hükümet Reisinin yetkilerine sahip olacaktı. Sancakta, Türkçe de Arapça gibi resmi dil kabul edilecek, Sancak'ın kendine mahsus bütçesi olacaktı. 12 Eylül 1921'de yeni bir kararla Harim (Reyhaniye hariç) Sancak'tan ayrılıp Halep'e, büyük bir Türkmen nüfusunun yaÅŸadığı Bayır-Bucak bölgesi ise Lazkiye'ye baÄŸlandı.